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Il Museo presenta ai visitatori una variegata collezione di materiali, attrezzature, stampe, diorami a grandezza naturale e pannelli esplicativi che illustrano in vari aspetti delle attività subacquee dell'uomo attraveso i secoli. Al MAS è presente una vasta biblioteca tematica con libri di saggistica e narrativa sul mare, sull'ambiente e sulle attività subacquee e la sua storia a disposizione ad esempio di studenti e ricercatori
Il museo si compone di varie sezioni suddivise in: Marina Militare; Cristo degli abissi; Lavoro subacqueo; Mostre tematiche; Foto cine-sub.
Completano il percorso espositivo una campana iperbarica per il lavoro in alto fondale, una batisfera e una torretta normobariche per l'osservazione subacquea poste all'aperto e il Monumento al Palombaro da poco posato nella piazza attistante il MAS.
Una vetrina illuminata dal tramonto all'alba, da la possibilità ai visitatori dell'antistante piazza di scrutare nella prima sala dedicata al Cristo degli Abissi, e di informarsi su mostre, convegni e serate incontro con la storia della subacquea, passate, presenti e future, scoprire appuntamenti e programmi culturali dal mondo subacqueo e magari interessarsi a qualche buon libro. 

Fra i molteplici "tesosi museali" oltre ad un ceppo in piombo di ancora romana al MAS è esposta la statua originale in gesso del Cristo degli Abissi, oggi sottoposta a vincolo dalla Soprintendenza. La statua è opera dello scultore Guido Galletti, la cui opera in bronzo giace dal 1954 nei fondali della baia di San Fruttuoso, tra Camogli e Portofino, all'interno dell'area naturale marina protetta di Portofino.